常州高等卫校设有临床医学院、医学影像学院、护理学院、药学院、医学技术学院和基础医学院等7个二级学院，建有实训中心和8个专业实验室。开设有临床医学、口腔医学、预防医学、全科医学、临床病理、卫生信息管理、护理、助产、医学影像、放射治疗技术、医学检验技术、医学美容、药学、医学生物技术、康复治疗技术、中药学、眼视光技术等19个专业，其中临床医学专业为江苏省高职高专25个获省财政专项经费支持的优势专业并入选教育部《高等职业教育创新发展行动计划（2015--2018）》骨干专业；医学影像、临床医学（全科医学方向）、助产和医学检验技术四个专业为省级特色专业。